Warning message + long log with rstan 2.18

After installing rstan 2.18 and running

mstring = "data {
int<lower=0> J; // number of schools
real y[J]; // estimated treatment effects
real<lower=0> sigma[J]; // s.e. of effect estimates
}
parameters {
real mu;
real<lower=0> tau;
real eta[J];
}
transformed parameters {
real theta[J];
for (j in 1:J)
theta[j] = mu + tau * eta[j];
}
model {
target += normal_lpdf(eta | 0, 1);
target += normal_lpdf(y | theta, sigma);
}
"
smodel <- stan_model(model_code = mstring)

I get this warning

DIAGNOSTIC(S) FROM PARSER:
Unknown variable: sum
Unknown variable: to_vector
Info (non-fatal):

And this incredibly long log that I cannot decode

...
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:23:14:   required from here
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:55:30: warning: ignoring attributes on template argument ‘Eigen::internal::packet_traits<double>::type’ {aka ‘__vector(2) double’} [-Wignored-attributes]
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h: In instantiation of ‘class Eigen::DenseCoeffsBase<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0> >, const Eigen::Matrix<double, -1, 1> >, 0>’:
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseBase.h:41:34:   required from ‘class Eigen::DenseBase<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0> >, const Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/MatrixBase.h:48:34:   required from ‘class Eigen::MatrixBase<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0> >, const Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/CwiseBinaryOp.h:148:7:   required from ‘class Eigen::CwiseBinaryOpImpl<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0> >, const Eigen::Matrix<double, -1, 1>, Eigen::Dense>’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/CwiseBinaryOp.h:77:7:   required from ‘class Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0> >, const Eigen::Matrix<double, -1, 1> >’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:251:61:   required from ‘static void Eigen::internal::generic_product_impl<Lhs, Rhs, Eigen::DenseShape, Eigen::DenseShape, 6>::evalTo(Dst&, const Lhs&, const Rhs&) [with Dst = Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>; Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:124:75:   required from ‘Eigen::internal::product_evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>, ProductTag, LhsShape, RhsShape>::product_evaluator(const XprType&) [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Options = 0; int ProductTag = 6; LhsShape = Eigen::DenseShape; RhsShape = Eigen::DenseShape; typename Eigen::internal::traits<typename Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>::Rhs>::Scalar = double; typename Eigen::internal::traits<typename Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>::Lhs>::Scalar = double; Eigen::internal::product_evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>, ProductTag, LhsShape, RhsShape>::XprType = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>, Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:35:70:   required from ‘Eigen::internal::evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option> >::evaluator(const XprType&) [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Options = 0; Eigen::internal::evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option> >::XprType = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>, Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/Product.h:132:22:   required from ‘Eigen::internal::dense_product_base<Lhs, Rhs, Option, 6>::operator const Scalar() const [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Option = 0; Eigen::internal::dense_product_base<Lhs, Rhs, Option, 6>::Scalar = double]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:24:60:   required from ‘double stan::mcmc::dense_e_metric<Model, BaseRNG>::T(stan::mcmc::dense_e_point&) [with Model = model1429871e3543a_dcdb3f8d36629a45be3ba2da73552a3c_namespace::model1429871e3543a_dcdb3f8d36629a45be3ba2da73552a3c; BaseRNG = boost::random::additive_combine_engine<boost::random::linear_congruential_engine<unsigned int, 40014, 0, 2147483563>, boost::random::linear_congruential_engine<unsigned int, 40692, 0, 2147483399> >]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:23:14:   required from here
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:55:30: warning: ignoring attributes on template argument ‘Eigen::internal::packet_traits<double>::type’ {aka ‘__vector(2) double’} [-Wignored-attributes]
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h: In instantiation of ‘Eigen::Index Eigen::internal::first_default_aligned(const Eigen::DenseBase<Derived>&) [with Derived = Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_conj_product_op<double, double>, const Eigen::Matrix<double, -1, 1>, const Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Matrix<double, -1, 1>, const Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >; Eigen::Index = long int]’:
...
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:35:70:   required from ‘Eigen::internal::evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option> >::evaluator(const XprType&) [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Options = 0; Eigen::internal::evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option> >::XprType = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>, Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/Product.h:132:22:   required from ‘Eigen::internal::dense_product_base<Lhs, Rhs, Option, 6>::operator const Scalar() const [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Option = 0; Eigen::internal::dense_product_base<Lhs, Rhs, Option, 6>::Scalar = double]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:24:60:   required from ‘double stan::mcmc::dense_e_metric<Model, BaseRNG>::T(stan::mcmc::dense_e_point&) [with Model = model1429871e3543a_dcdb3f8d36629a45be3ba2da73552a3c_namespace::model1429871e3543a_dcdb3f8d36629a45be3ba2da73552a3c; BaseRNG = boost::random::additive_combine_engine<boost::random::linear_congruential_engine<unsigned int, 40014, 0, 2147483563>, boost::random::linear_congruential_engine<unsigned int, 40692, 0, 2147483399> >]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:23:14:   required from here
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:55:30: warning: ignoring attributes on template argument ‘Eigen::internal::packet_traits<double>::type’ {aka ‘__vector(2) double’} [-Wignored-attributes]
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h: In instantiation of ‘class Eigen::DenseCoeffsBase<Eigen::Transpose<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, 0>’:
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:478:7:   required from ‘class Eigen::DenseCoeffsBase<Eigen::Transpose<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, 2>’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseBase.h:41:34:   required from ‘class Eigen::DenseBase<Eigen::Transpose<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, 1> > > >’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/MatrixBase.h:48:34:   required from ‘class Eigen::MatrixBase<Eigen::Transpose<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, 1> > > >’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/Transpose.h:115:37:   required from ‘class Eigen::TransposeImpl<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, 1> >, Eigen::Dense>’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/Transpose.h:52:37:   required from ‘class Eigen::Transpose<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/util/BlasUtil.h:363:13:   [ skipping 17 instantiation contexts, use -ftemplate-backtrace-limit=0 to disable ]
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:251:23:   required from ‘static void Eigen::internal::generic_product_impl<Lhs, Rhs, Eigen::DenseShape, Eigen::DenseShape, 6>::evalTo(Dst&, const Lhs&, const Rhs&) [with Dst = Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>; Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:124:75:   required from ‘Eigen::internal::product_evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>, ProductTag, LhsShape, RhsShape>::product_evaluator(const XprType&) [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Options = 0; int ProductTag = 6; LhsShape = Eigen::DenseShape; RhsShape = Eigen::DenseShape; typename Eigen::internal::traits<typename Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>::Rhs>::Scalar = double; typename Eigen::internal::traits<typename Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>::Lhs>::Scalar = double; Eigen::internal::product_evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>, ProductTag, LhsShape, RhsShape>::XprType = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>, Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:35:70:   required from ‘Eigen::internal::evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option> >::evaluator(const XprType&) [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Options = 0; Eigen::internal::evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option> >::XprType = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>, Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/Product.h:132:22:   required from ‘Eigen::internal::dense_product_base<Lhs, Rhs, Option, 6>::operator const Scalar() const [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Option = 0; Eigen::internal::dense_product_base<Lhs, Rhs, Option, 6>::Scalar = double]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:24:60:   required from ‘double stan::mcmc::dense_e_metric<Model, BaseRNG>::T(stan::mcmc::dense_e_point&) [with Model = model1429871e3543a_dcdb3f8d36629a45be3ba2da73552a3c_namespace::model1429871e3543a_dcdb3f8d36629a45be3ba2da73552a3c; BaseRNG = boost::random::additive_combine_engine<boost::random::linear_congruential_engine<unsigned int, 40014, 0, 2147483563>, boost::random::linear_congruential_engine<unsigned int, 40692, 0, 2147483399> >]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:23:14:   required from here
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:55:30: warning: ignoring attributes on template argument ‘Eigen::internal::packet_traits<double>::type’ {aka ‘__vector(2) double’} [-Wignored-attributes]
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h: In instantiation of ‘class Eigen::DenseCoeffsBase<Eigen::Block<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, -1, 1, true>, 0>’:
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:300:7:   required from ‘class Eigen::DenseCoeffsBase<Eigen::Block<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, -1, 1, true>, 1>’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:551:7:   required from ‘class Eigen::DenseCoeffsBase<Eigen::Block<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, -1, 1, true>, 3>’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseBase.h:41:34:   required from ‘class Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, -1, 1, true> >’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/MatrixBase.h:48:34:   required from ‘class Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, -1, 1, true> >’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/MapBase.h:37:34:   required from ‘class Eigen::MapBase<Eigen::Block<Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, -1, 1, true>, 0>’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/MapBase.h:215:34:   [ skipping 20 instantiation contexts, use -ftemplate-backtrace-limit=0 to disable ]
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:251:23:   required from ‘static void Eigen::internal::generic_product_impl<Lhs, Rhs, Eigen::DenseShape, Eigen::DenseShape, 6>::evalTo(Dst&, const Lhs&, const Rhs&) [with Dst = Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1>; Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:124:75:   required from ‘Eigen::internal::product_evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>, ProductTag, LhsShape, RhsShape>::product_evaluator(const XprType&) [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Options = 0; int ProductTag = 6; LhsShape = Eigen::DenseShape; RhsShape = Eigen::DenseShape; typename Eigen::internal::traits<typename Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>::Rhs>::Scalar = double; typename Eigen::internal::traits<typename Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>::Lhs>::Scalar = double; Eigen::internal::product_evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option>, ProductTag, LhsShape, RhsShape>::XprType = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>, Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/ProductEvaluators.h:35:70:   required from ‘Eigen::internal::evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option> >::evaluator(const XprType&) [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Options = 0; Eigen::internal::evaluator<Eigen::Product<Lhs, Rhs, Option> >::XprType = Eigen::Product<Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>, Eigen::Matrix<double, -1, 1>, 0>]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/Product.h:132:22:   required from ‘Eigen::internal::dense_product_base<Lhs, Rhs, Option, 6>::operator const Scalar() const [with Lhs = Eigen::Product<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::scalar_constant_op<double>, const Eigen::Matrix<double, 1, -1> >, const Eigen::Transpose<Eigen::Matrix<double, -1, 1> > >, Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 0>; Rhs = Eigen::Matrix<double, -1, 1>; int Option = 0; Eigen::internal::dense_product_base<Lhs, Rhs, Option, 6>::Scalar = double]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:24:60:   required from ‘double stan::mcmc::dense_e_metric<Model, BaseRNG>::T(stan::mcmc::dense_e_point&) [with Model = model1429871e3543a_dcdb3f8d36629a45be3ba2da73552a3c_namespace::model1429871e3543a_dcdb3f8d36629a45be3ba2da73552a3c; BaseRNG = boost::random::additive_combine_engine<boost::random::linear_congruential_engine<unsigned int, 40014, 0, 2147483563>, boost::random::linear_congruential_engine<unsigned int, 40692, 0, 2147483399> >]’
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/StanHeaders/include/src/stan/mcmc/hmc/hamiltonians/dense_e_metric.hpp:23:14:   required from here
_LOCAL_COVERED_PATH_/R-3.5.1/lib64/R/library/RcppEigen/include/Eigen/src/Core/DenseCoeffsBase.h:55:30: warning: ignoring attributes on template argument ‘Eigen::internal::packet_traits<double>::type’ {aka ‘__vector(2) double’} [-Wignored-attributes]
...

Is there something I am missing?

Thanks.

If your question relates to installation please provide the following information:

  • R version 3.5.1 (2018-07-02)
    Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
    Running under: CentOS release 6.9 (Final)

  • RStan Version 2.18

  • Output of writeLines(readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")))
    #CXX14 = g++ # or clang++ if you have that
    #CXX14FLAGS = -O3

  • Output of devtools::session_info("rstan")
    Warning: Your system is mis-configured: ‘/etc/localtime’ is not a symlink
    Warning: It is strongly recommended to set envionment variable TZ to ‘Australia/Melbourne’ (or equivalent)
    Session info ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    setting value
    version R version 3.5.1 (2018-07-02)
    system x86_64, linux-gnu
    ui RStudio (1.1.453)
    language (EN)
    collate en_US.UTF-8
    tz Australia/Melbourne
    date 2018-10-19

Packages -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
package * version date source
assertthat 0.2.0 2017-04-11 CRAN (R 3.5.1)
backports 1.1.2 2017-12-13 CRAN (R 3.5.1)
BH 1.66.0-1 2018-02-13 CRAN (R 3.5.1)
callr 2.0.4 2018-05-15 CRAN (R 3.5.1)
cli 1.0.1 2018-09-25 cran (@1.0.1)
colorspace 1.4-0 2018-06-23 R-Forge (R 3.5.1)
compiler 3.5.1 2018-07-13 local
crayon 1.3.4 2017-09-16 CRAN (R 3.5.1)
desc 1.2.0 2018-05-01 CRAN (R 3.5.1)
dichromat 2.0-1 2016-12-23 R-Forge (R 3.5.1)
digest 0.6.18 2018-10-10 cran (@0.6.18)
ggplot2 * 3.0.0 2018-07-03 CRAN (R 3.5.1)
glue 1.3.0 2018-07-17 cran (@1.3.0)
graphics * 3.5.1 2018-07-13 local
grDevices * 3.5.1 2018-07-13 local
grid * 3.5.1 2018-07-13 local
gridExtra 2.3 2017-09-09 CRAN (R 3.5.1)
gtable 0.2.0 2016-02-26 CRAN (R 3.5.1)
inline 0.3.15 2018-05-18 CRAN (R 3.5.1)
labeling 0.3 2014-08-23 CRAN (R 3.5.1)
lattice 0.20-35 2017-03-25 CRAN (R 3.5.1)
lazyeval 0.2.1 2017-10-29 CRAN (R 3.5.1)
loo 2.0.0 2018-04-11 CRAN (R 3.5.1)
magrittr * 1.5 2014-11-22 CRAN (R 3.5.1)
MASS 7.3-50 2018-04-30 CRAN (R 3.5.1)
Matrix 1.2-14 2018-04-09 CRAN (R 3.5.1)
matrixStats 0.53.1 2018-02-11 CRAN (R 3.5.1)
methods * 3.5.1 2018-07-13 local
mgcv * 1.8-24 2018-06-18 CRAN (R 3.5.1)
munsell 0.5.0 2018-06-12 CRAN (R 3.5.1)
nlme * 3.1-137 2018-04-07 CRAN (R 3.5.1)
parallel * 3.5.1 2018-07-13 local
pillar 1.2.3 2018-05-25 CRAN (R 3.5.1)
pkgbuild 1.0.2 2018-10-16 CRAN (R 3.5.1)
plyr 1.8.4 2016-06-08 CRAN (R 3.5.1)
praise 1.0.0 2015-08-11 CRAN (R 3.5.1)
prettyunits 1.0.2 2015-07-13 CRAN (R 3.5.1)
processx 3.1.0 2018-05-15 CRAN (R 3.5.1)
R6 2.3.0 2018-10-04 cran (@2.3.0)
RColorBrewer 1.1-2 2014-12-07 CRAN (R 3.5.1)
Rcpp 0.12.19 2018-10-01 cran (@0.12.19)
RcppEigen 0.3.3.4.0 2018-02-07 CRAN (R 3.5.1)
reshape2 1.4.3 2017-12-11 CRAN (R 3.5.1)
rlang 0.2.2 2018-08-16 cran (@0.2.2)
rprojroot 1.3-2 2018-01-03 CRAN (R 3.5.1)
rstan * 2.18.1 2018-10-16 CRAN (R 3.5.1)
scales * 0.5.0 2017-08-24 CRAN (R 3.5.1)
StanHeaders * 2.18.0 2018-10-07 CRAN (R 3.5.1)
stats * 3.5.1 2018-07-13 local
stats4 3.5.1 2018-07-13 local
stringi 1.2.3 2018-06-12 CRAN (R 3.5.1)
stringr * 1.3.1 2018-05-10 CRAN (R 3.5.1)
testthat 2.0.1 2018-10-13 cran (@2.0.1)
tibble * 1.4.2 2018-01-22 CRAN (R 3.5.1)
tools 3.5.1 2018-07-13 local
utf8 1.1.4 2018-05-24 CRAN (R 3.5.1)
utils * 3.5.1 2018-07-13 local
viridisLite 0.3.0 2018-02-01 CRAN (R 3.5.1)
withr 2.1.2 2018-03-15 CRAN (R 3.5.1)

Not from 8 schools. That would have come from a different model.

You may want to add -Wno-ignored-attributes to CXX14FLAGS in ~/.R/Makevars to suppress those.

Sorry correct,

I was testing compilation of models. Should I worry, or is something benign?

I suppose I can suppress without worrying of them being index of some pathology.

It’s all fine

1 Like